清入关以后，还以此宫作为皇帝寝宫，但在使用上有很多改变，顺治、康熙两位皇帝继位之初都没有在乾清宫居住。顺治皇帝福临在外朝的位育宫（即保和殿）居住了多年，直至顺治十三年（1656 年）才移居乾清宫。康熙皇帝玄烨自登基后仍居住外朝的保和殿，时称清宁宫。康熙四年（1665 年）大婚在内廷坤宁宫举行，以后仍回清宁宫居住。康熙八年（1669年），奉皇太后懿旨移居内廷居住，以乾清宫作为皇帝的寝宫，又在这里临朝听政、批阅奏折，选派、召见官员和赐宴等。雍正帝以后，此宫就成为内廷典礼活动，引见官员及外国使臣的所在。但仍把乾清宫视为皇帝正式住所，无论皇帝死在哪里，他的遗体都要抬到此宫内停灵进行祭奠，然后再停到景山寿皇殿或观德殿等处，择日出殡，奉安其陵。自雍正帝将皇帝寝宫西移养心殿始，养心殿前殿就成为各代皇帝日常处理政务和召见臣僚的地方。后殿成为皇帝寝宫，前后殿之间有廊相通，皇帝只要通过前殿宝座后面的左右门，就能直接回到寝宫。除被召的后妃和随侍太监外，任何人不得随便出入寝宫。宫内共有五个门，作一字排开，正间正面设坐炕一铺。东次间设有宝座，紫檀长条案，西次间设有紫檀云龙大柜和坐炕等。东暖阁最里间为皇帝的卧室，墙上挂着通体镶嵌的玻璃水银镜。暖阁里皇帝的卧床长一丈多，床上铺大红毡、明黄毯，并设床帐。夏用纱罗帐，冬用绸缎夹帐。帐有帐檐、飘带。帐内挂着盛有香料的荷包和香囊。被褥均用绸缎绣花面，枕头为长方形。在床西侧设有净房，净盆是银制，上面有软垫，用完之后，随即叫太监倒掉洗净。暖阁内冬暖夏凉，冬季在室内外屋檐下坑内烧柴，热气通入室内砖面下烟道以取暖，加上室内地面铺毡毯，并摆有许多烧炭的火盆，足以驱寒。夏季院内搭芦席凉棚，既遮阳又通风。前殿后寝，舒适自如。
寝殿东西两侧体顺堂和燕禧堂是皇后、皇贵妃的居室，妃、嫔、贵人则住在体顺堂、燕禧堂的东西围房，常在、答应没有专门住所，都随皇后、皇贵妃住。由寝殿前工字廊的西侧门，可以到达上述各所，她们只能随时恭候皇帝的召唤。同治帝幼时，慈安太后曾住在绥履殿即体顺堂，慈禧太后住平安室即燕禧堂，并在养心殿前殿垂帘听政。以后同治、光绪的皇后也先后住过体顺堂。
明代的坤宁宫是皇后寝居处，东西六宫才是妃嫔的居住处，皇后一般是不住东西六宫的。清初改建后，坤宁宫便成为形式上的中宫，它的中部和西部已改为祭神的地方。只有在皇帝大婚时，皇帝和皇后才在坤宁宫东暖阁住上两天，然后皇后另住预先选定的东、西六宫中的某一宫寝居。如光绪皇后大婚后就住在东六宫的钟粹宫。所以到了清代，东、西六宫也由明朝专供妃、嫔们的寝居处所，改为皇后或妃嫔的寝居处所。清道光皇后住过的承乾宫，在清初则是顺治帝倍加宠幸的董鄂妃的寝宫。尽管如此，清朝的皇后还是常常住养心殿的东耳房绥履殿（同治时改称体顺堂）。东、西六宫在后三宫两侧，每个宫都由前后两座殿宇及厢房、配殿组成两进三合院，正门居中，院墙高筑，自成体系。每座宫院占地约二千五百多平方米，各院格局均为前堂后寝。前正殿是本宫所居住的，后妃遇有应行礼节时在此升座。后宫做寝室，宫内前后檐柱间均有排叉落地罩，罩内系有木炕。宫中左右碧纱橱，东间为两暗间，西间为两明间。西六宫以南便是皇帝寝宫养心殿。
皇帝崩，他的后妃们按规定要搬出中宫及东、西六宫，迁到东、西六宫以外的慈宁、寿康、宁寿等宫，太妃、太嫔等位随居，名尊位远。现慈宁、寿康、宁寿宫等外西路、外东路地方，为明朝安顿先朝后妃遗孀所建，清沿明制。据《明宫史》载：“过义平门，见慈宁宫矣。万历年间慈圣李老娘娘所居；泰昌元年八月，神庙（万历）皇贵妃郑老娘娘亦曾居之，天启七年八月后，熹庙（天启）皇贵妃范娘娘亦居此宫。”万历帝“昭妃刘氏，天启、崇祯时，尝居慈宁宫，掌太后玺”。隆庆年间万历帝生母孝定李太后，在神宗即位后，上尊号曰慈圣皇太后，尊隆庆的皇后为仁圣皇太后并分居慈宁宫和寿康宫。宁寿宫是康熙为奉养母后，利用明仁寿宫旧址改建。乾隆帝则把此宫按朝寝制度扩建，准备八十五岁归政，当太上皇时寝居，但他从未住过，而一直住在养心殿。倒是慈禧太后六十寿辰前后曾将此地作为寝宫。寿安宫为乾隆帝母后所居，乾隆时常来此请安。清代也有例外，清末的慈安和慈禧在同治皇帝亲政后，仍以皇太后的身份住在东、西六宫的钟粹宫和长春宫，并未离开。
皇子、皇孙在结婚前是居住在皇宫内的，婚后大多要住到宫外各自的府第中去。明代大都是先立皇太子居子东宫，故址在东华门内文华殿后面。康熙时另于东路专门为皇太子修建了毓庆宫。但因皇位争夺异常激烈，雍正帝取消了预先指定确立皇太子制度，毓庆宫也就成了一般成年皇子们居住的地方。直到嘉庆以后，由于乾隆的第十五子颙琰做皇帝之初曾居这里，所以日后就不准别的皇子再住此宫。
